pollutri
/
res_levis_API
1
0
Forkuj 0
Kod Zgłoszenia 0 Oczekujące zmiany 0 Wydania 0 Wiki Aktywność
Nie możesz wybrać więcej, niż 25 tematów Tematy muszą się zaczynać od litery lub cyfry, mogą zawierać myślniki ('-') i mogą mieć do 35 znaków.
13 Commity
4 Gałęzie
203 MiB
 
 
 
 
Drzewo: 9b157a6158
Gałęzie Tagi
${ item.name }
Utwórz gałąź ${ searchTerm }
z '9b157a6158'
${ noResults }
res_levis_API/.venv/lib/python3.10/site-packages/pysam/include/bcftools
root 5404e09047 first commit 2 miesięcy temu
..
HMM.c first commit 2 miesięcy temu
HMM.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
HMM.h first commit 2 miesięcy temu
LICENSE first commit 2 miesięcy temu
README first commit 2 miesięcy temu
abuf.c first commit 2 miesięcy temu
abuf.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
abuf.h first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf.h first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf_edlib.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf_edlib.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf_iaux.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf_iaux.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf_indel.c first commit 2 miesięcy temu
bam2bcf_indel.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bam_sample.c first commit 2 miesięcy temu
bam_sample.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bam_sample.h first commit 2 miesięcy temu
bcftools.h first commit 2 miesięcy temu
bcftools.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bcftools.pysam.h first commit 2 miesięcy temu
bin.c first commit 2 miesięcy temu
bin.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
bin.h first commit 2 miesięcy temu
call.h first commit 2 miesięcy temu
ccall.c first commit 2 miesięcy temu
ccall.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
cigar_state.h first commit 2 miesięcy temu
cols.c first commit 2 miesięcy temu
cols.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
cols.h first commit 2 miesięcy temu
config.h first commit 2 miesięcy temu
consensus.c first commit 2 miesięcy temu
consensus.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
convert.c first commit 2 miesięcy temu
convert.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
convert.h first commit 2 miesięcy temu
csq.c first commit 2 miesięcy temu
csq.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
dbuf.h first commit 2 miesięcy temu
dist.c first commit 2 miesięcy temu
dist.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
dist.h first commit 2 miesięcy temu
edlib.c first commit 2 miesięcy temu
edlib.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
edlib.h first commit 2 miesięcy temu
em.c first commit 2 miesięcy temu
em.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
extsort.c first commit 2 miesięcy temu
extsort.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
extsort.h first commit 2 miesięcy temu
filter.c first commit 2 miesięcy temu
filter.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
filter.h first commit 2 miesięcy temu
gff.c first commit 2 miesięcy temu
gff.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
gff.h first commit 2 miesięcy temu
gvcf.c first commit 2 miesięcy temu
gvcf.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
gvcf.h first commit 2 miesięcy temu
hclust.c first commit 2 miesięcy temu
hclust.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
hclust.h first commit 2 miesięcy temu
hex.h first commit 2 miesięcy temu
khash_str2str.h first commit 2 miesięcy temu
kheap.h first commit 2 miesięcy temu
kmin.c first commit 2 miesięcy temu
kmin.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
kmin.h first commit 2 miesięcy temu
main.c first commit 2 miesięcy temu
main.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
mcall.c first commit 2 miesięcy temu
mcall.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
mpileup.c first commit 2 miesięcy temu
mpileup.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
mw.h first commit 2 miesięcy temu
ploidy.c first commit 2 miesięcy temu
ploidy.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
ploidy.h first commit 2 miesięcy temu
prob1.c first commit 2 miesięcy temu
prob1.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
prob1.h first commit 2 miesięcy temu
rbuf.h first commit 2 miesięcy temu
read_consensus.c first commit 2 miesięcy temu
read_consensus.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
read_consensus.h first commit 2 miesięcy temu
regidx.c first commit 2 miesięcy temu
regidx.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
regidx.h first commit 2 miesięcy temu
reheader.c first commit 2 miesięcy temu
reheader.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
smpl_ilist.c first commit 2 miesięcy temu
smpl_ilist.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
smpl_ilist.h first commit 2 miesięcy temu
str_finder.c first commit 2 miesięcy temu
str_finder.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
str_finder.h first commit 2 miesięcy temu
tabix.c first commit 2 miesięcy temu
tabix.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
tsv2vcf.c first commit 2 miesięcy temu
tsv2vcf.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
tsv2vcf.h first commit 2 miesięcy temu
utlist.h first commit 2 miesięcy temu
variantkey.h first commit 2 miesięcy temu
vcfannotate.c first commit 2 miesięcy temu
vcfannotate.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfbuf.c first commit 2 miesięcy temu
vcfbuf.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfbuf.h first commit 2 miesięcy temu
vcfcall.c first commit 2 miesięcy temu
vcfcall.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfcnv.c first commit 2 miesięcy temu
vcfcnv.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfconcat.c first commit 2 miesięcy temu
vcfconcat.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfconvert.c first commit 2 miesięcy temu
vcfconvert.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcffilter.c first commit 2 miesięcy temu
vcffilter.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfgtcheck.c first commit 2 miesięcy temu
vcfgtcheck.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfhead.c first commit 2 miesięcy temu
vcfhead.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfindex.c first commit 2 miesięcy temu
vcfindex.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfisec.c first commit 2 miesięcy temu
vcfisec.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfmerge.c first commit 2 miesięcy temu
vcfmerge.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfnorm.c first commit 2 miesięcy temu
vcfnorm.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfplugin.c first commit 2 miesięcy temu
vcfplugin.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfquery.c first commit 2 miesięcy temu
vcfquery.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfroh.c first commit 2 miesięcy temu
vcfroh.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfsom.c first commit 2 miesięcy temu
vcfsom.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfsort.c first commit 2 miesięcy temu
vcfsort.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfstats.c first commit 2 miesięcy temu
vcfstats.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcfview.c first commit 2 miesięcy temu
vcfview.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcmp.c first commit 2 miesięcy temu
vcmp.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
vcmp.h first commit 2 miesięcy temu
version.c first commit 2 miesięcy temu
version.c.pysam.c first commit 2 miesięcy temu
version.sh first commit 2 miesięcy temu

README 

BCFtools implements utilities for variant calling (in conjunction with
SAMtools) and manipulating VCF and BCF files.  The program is intended
to replace the Perl-based tools from vcftools.

See INSTALL for building and installation instructions.

Please cite this paper when using BCFtools for your publications:

Twelve years of SAMtools and BCFtools
Petr Danecek, James K Bonfield, Jennifer Liddle, John Marshall, Valeriu Ohan, Martin O Pollard, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Shane A McCarthy, Robert M Davies, Heng Li
GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab008, https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008

@article{10.1093/gigascience/giab008,
    author = {Danecek, Petr and Bonfield, James K and Liddle, Jennifer and Marshall, John and Ohan, Valeriu and Pollard, Martin O and Whitwham, Andrew and Keane, Thomas and McCarthy, Shane A and Davies, Robert M and Li, Heng},
    title = "{Twelve years of SAMtools and BCFtools}",
    journal = {GigaScience},
    volume = {10},
    number = {2},
    year = {2021},
    month = {02},
    abstract = "{SAMtools and BCFtools are widely used programs for processing and analysing high-throughput sequencing data. They include tools for file format conversion and manipulation, sorting, querying, statistics, variant calling, and effect analysis amongst other methods.The first version appeared online 12 years ago and has been maintained and further developed ever since, with many new features and improvements added over the years. The SAMtools and BCFtools packages represent a unique collection of tools that have been used in numerous other software projects and countless genomic pipelines.Both SAMtools and BCFtools are freely available on GitHub under the permissive MIT licence, free for both non-commercial and commercial use. Both packages have been installed \\>1 million times via Bioconda. The source code and documentation are available from https://www.htslib.org.}",
    issn = {2047-217X},
    doi = {10.1093/gigascience/giab008},
    url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008},
    note = {giab008},
    eprint = {https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/10/2/giab008/36332246/giab008.pdf},
}