pollutri
/
res_levis_API
1
0
Rozštěpit 0
Zdrojový kód Úkoly 0 Požadavky na natažení 0 Vydání 0 Wiki Aktivita
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
53 Revize
17 Větve
203 MiB
 
 
 
 
Strom: 95f102987e
Větve Značky
${ item.name }
Vytvořit větev ${ searchTerm }
z „95f102987e“
${ noResults }
res_levis_API/.venv/lib/python3.10/site-packages/pysam/include/bcftools
root 5404e09047 first commit před 5 měsíci
..
HMM.c first commit před 5 měsíci
HMM.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
HMM.h first commit před 5 měsíci
LICENSE first commit před 5 měsíci
README first commit před 5 měsíci
abuf.c first commit před 5 měsíci
abuf.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
abuf.h first commit před 5 měsíci
bam2bcf.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf.h first commit před 5 měsíci
bam2bcf_edlib.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf_edlib.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf_iaux.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf_iaux.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf_indel.c first commit před 5 měsíci
bam2bcf_indel.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
bam_sample.c first commit před 5 měsíci
bam_sample.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
bam_sample.h first commit před 5 měsíci
bcftools.h first commit před 5 měsíci
bcftools.pysam.c first commit před 5 měsíci
bcftools.pysam.h first commit před 5 měsíci
bin.c first commit před 5 měsíci
bin.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
bin.h first commit před 5 měsíci
call.h first commit před 5 měsíci
ccall.c first commit před 5 měsíci
ccall.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
cigar_state.h first commit před 5 měsíci
cols.c first commit před 5 měsíci
cols.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
cols.h first commit před 5 měsíci
config.h first commit před 5 měsíci
consensus.c first commit před 5 měsíci
consensus.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
convert.c first commit před 5 měsíci
convert.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
convert.h first commit před 5 měsíci
csq.c first commit před 5 měsíci
csq.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
dbuf.h first commit před 5 měsíci
dist.c first commit před 5 měsíci
dist.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
dist.h first commit před 5 měsíci
edlib.c first commit před 5 měsíci
edlib.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
edlib.h first commit před 5 měsíci
em.c first commit před 5 měsíci
em.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
extsort.c first commit před 5 měsíci
extsort.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
extsort.h first commit před 5 měsíci
filter.c first commit před 5 měsíci
filter.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
filter.h first commit před 5 měsíci
gff.c first commit před 5 měsíci
gff.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
gff.h first commit před 5 měsíci
gvcf.c first commit před 5 měsíci
gvcf.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
gvcf.h first commit před 5 měsíci
hclust.c first commit před 5 měsíci
hclust.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
hclust.h first commit před 5 měsíci
hex.h first commit před 5 měsíci
khash_str2str.h first commit před 5 měsíci
kheap.h first commit před 5 měsíci
kmin.c first commit před 5 měsíci
kmin.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
kmin.h first commit před 5 měsíci
main.c first commit před 5 měsíci
main.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
mcall.c first commit před 5 měsíci
mcall.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
mpileup.c first commit před 5 měsíci
mpileup.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
mw.h first commit před 5 měsíci
ploidy.c first commit před 5 měsíci
ploidy.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
ploidy.h first commit před 5 měsíci
prob1.c first commit před 5 měsíci
prob1.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
prob1.h first commit před 5 měsíci
rbuf.h first commit před 5 měsíci
read_consensus.c first commit před 5 měsíci
read_consensus.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
read_consensus.h first commit před 5 měsíci
regidx.c first commit před 5 měsíci
regidx.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
regidx.h first commit před 5 měsíci
reheader.c first commit před 5 měsíci
reheader.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
smpl_ilist.c first commit před 5 měsíci
smpl_ilist.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
smpl_ilist.h first commit před 5 měsíci
str_finder.c first commit před 5 měsíci
str_finder.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
str_finder.h first commit před 5 měsíci
tabix.c first commit před 5 měsíci
tabix.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
tsv2vcf.c first commit před 5 měsíci
tsv2vcf.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
tsv2vcf.h first commit před 5 měsíci
utlist.h first commit před 5 měsíci
variantkey.h first commit před 5 měsíci
vcfannotate.c first commit před 5 měsíci
vcfannotate.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfbuf.c first commit před 5 měsíci
vcfbuf.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfbuf.h first commit před 5 měsíci
vcfcall.c first commit před 5 měsíci
vcfcall.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfcnv.c first commit před 5 měsíci
vcfcnv.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfconcat.c first commit před 5 měsíci
vcfconcat.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfconvert.c first commit před 5 měsíci
vcfconvert.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcffilter.c first commit před 5 měsíci
vcffilter.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfgtcheck.c first commit před 5 měsíci
vcfgtcheck.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfhead.c first commit před 5 měsíci
vcfhead.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfindex.c first commit před 5 měsíci
vcfindex.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfisec.c first commit před 5 měsíci
vcfisec.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfmerge.c first commit před 5 měsíci
vcfmerge.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfnorm.c first commit před 5 měsíci
vcfnorm.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfplugin.c first commit před 5 měsíci
vcfplugin.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfquery.c first commit před 5 měsíci
vcfquery.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfroh.c first commit před 5 měsíci
vcfroh.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfsom.c first commit před 5 měsíci
vcfsom.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfsort.c first commit před 5 měsíci
vcfsort.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfstats.c first commit před 5 měsíci
vcfstats.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcfview.c first commit před 5 měsíci
vcfview.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcmp.c first commit před 5 měsíci
vcmp.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
vcmp.h first commit před 5 měsíci
version.c first commit před 5 měsíci
version.c.pysam.c first commit před 5 měsíci
version.sh first commit před 5 měsíci

README 

BCFtools implements utilities for variant calling (in conjunction with
SAMtools) and manipulating VCF and BCF files.  The program is intended
to replace the Perl-based tools from vcftools.

See INSTALL for building and installation instructions.

Please cite this paper when using BCFtools for your publications:

Twelve years of SAMtools and BCFtools
Petr Danecek, James K Bonfield, Jennifer Liddle, John Marshall, Valeriu Ohan, Martin O Pollard, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Shane A McCarthy, Robert M Davies, Heng Li
GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab008, https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008

@article{10.1093/gigascience/giab008,
    author = {Danecek, Petr and Bonfield, James K and Liddle, Jennifer and Marshall, John and Ohan, Valeriu and Pollard, Martin O and Whitwham, Andrew and Keane, Thomas and McCarthy, Shane A and Davies, Robert M and Li, Heng},
    title = "{Twelve years of SAMtools and BCFtools}",
    journal = {GigaScience},
    volume = {10},
    number = {2},
    year = {2021},
    month = {02},
    abstract = "{SAMtools and BCFtools are widely used programs for processing and analysing high-throughput sequencing data. They include tools for file format conversion and manipulation, sorting, querying, statistics, variant calling, and effect analysis amongst other methods.The first version appeared online 12 years ago and has been maintained and further developed ever since, with many new features and improvements added over the years. The SAMtools and BCFtools packages represent a unique collection of tools that have been used in numerous other software projects and countless genomic pipelines.Both SAMtools and BCFtools are freely available on GitHub under the permissive MIT licence, free for both non-commercial and commercial use. Both packages have been installed \\>1 million times via Bioconda. The source code and documentation are available from https://www.htslib.org.}",
    issn = {2047-217X},
    doi = {10.1093/gigascience/giab008},
    url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008},
    note = {giab008},
    eprint = {https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/10/2/giab008/36332246/giab008.pdf},
}