pollutri
/
res_levis_API
1
0
Fork 0
Koodi Ongelmat 0 Pull-pyynnöt 0 Julkaisut 0 Wiki Toiminta
You can not select more than 25 topics Topics must start with a letter or number, can include dashes ('-') and can be up to 35 characters long.
18 Commitit
4 Branchit
203 MiB
 
 
 
 
Puu: 705d8acdb7
Branchit Tagit
${ item.name }
Create branch ${ searchTerm }
from '705d8acdb7'
${ noResults }
res_levis_API/.venv/lib/python3.10/site-packages/pysam/include/bcftools
root 5404e09047 first commit 2 kuukautta sitten
..
HMM.c first commit 2 kuukautta sitten
HMM.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
HMM.h first commit 2 kuukautta sitten
LICENSE first commit 2 kuukautta sitten
README first commit 2 kuukautta sitten
abuf.c first commit 2 kuukautta sitten
abuf.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
abuf.h first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf.h first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf_edlib.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf_edlib.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf_iaux.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf_iaux.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf_indel.c first commit 2 kuukautta sitten
bam2bcf_indel.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bam_sample.c first commit 2 kuukautta sitten
bam_sample.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bam_sample.h first commit 2 kuukautta sitten
bcftools.h first commit 2 kuukautta sitten
bcftools.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bcftools.pysam.h first commit 2 kuukautta sitten
bin.c first commit 2 kuukautta sitten
bin.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
bin.h first commit 2 kuukautta sitten
call.h first commit 2 kuukautta sitten
ccall.c first commit 2 kuukautta sitten
ccall.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
cigar_state.h first commit 2 kuukautta sitten
cols.c first commit 2 kuukautta sitten
cols.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
cols.h first commit 2 kuukautta sitten
config.h first commit 2 kuukautta sitten
consensus.c first commit 2 kuukautta sitten
consensus.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
convert.c first commit 2 kuukautta sitten
convert.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
convert.h first commit 2 kuukautta sitten
csq.c first commit 2 kuukautta sitten
csq.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
dbuf.h first commit 2 kuukautta sitten
dist.c first commit 2 kuukautta sitten
dist.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
dist.h first commit 2 kuukautta sitten
edlib.c first commit 2 kuukautta sitten
edlib.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
edlib.h first commit 2 kuukautta sitten
em.c first commit 2 kuukautta sitten
em.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
extsort.c first commit 2 kuukautta sitten
extsort.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
extsort.h first commit 2 kuukautta sitten
filter.c first commit 2 kuukautta sitten
filter.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
filter.h first commit 2 kuukautta sitten
gff.c first commit 2 kuukautta sitten
gff.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
gff.h first commit 2 kuukautta sitten
gvcf.c first commit 2 kuukautta sitten
gvcf.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
gvcf.h first commit 2 kuukautta sitten
hclust.c first commit 2 kuukautta sitten
hclust.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
hclust.h first commit 2 kuukautta sitten
hex.h first commit 2 kuukautta sitten
khash_str2str.h first commit 2 kuukautta sitten
kheap.h first commit 2 kuukautta sitten
kmin.c first commit 2 kuukautta sitten
kmin.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
kmin.h first commit 2 kuukautta sitten
main.c first commit 2 kuukautta sitten
main.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
mcall.c first commit 2 kuukautta sitten
mcall.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
mpileup.c first commit 2 kuukautta sitten
mpileup.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
mw.h first commit 2 kuukautta sitten
ploidy.c first commit 2 kuukautta sitten
ploidy.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
ploidy.h first commit 2 kuukautta sitten
prob1.c first commit 2 kuukautta sitten
prob1.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
prob1.h first commit 2 kuukautta sitten
rbuf.h first commit 2 kuukautta sitten
read_consensus.c first commit 2 kuukautta sitten
read_consensus.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
read_consensus.h first commit 2 kuukautta sitten
regidx.c first commit 2 kuukautta sitten
regidx.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
regidx.h first commit 2 kuukautta sitten
reheader.c first commit 2 kuukautta sitten
reheader.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
smpl_ilist.c first commit 2 kuukautta sitten
smpl_ilist.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
smpl_ilist.h first commit 2 kuukautta sitten
str_finder.c first commit 2 kuukautta sitten
str_finder.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
str_finder.h first commit 2 kuukautta sitten
tabix.c first commit 2 kuukautta sitten
tabix.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
tsv2vcf.c first commit 2 kuukautta sitten
tsv2vcf.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
tsv2vcf.h first commit 2 kuukautta sitten
utlist.h first commit 2 kuukautta sitten
variantkey.h first commit 2 kuukautta sitten
vcfannotate.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfannotate.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfbuf.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfbuf.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfbuf.h first commit 2 kuukautta sitten
vcfcall.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfcall.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfcnv.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfcnv.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfconcat.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfconcat.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfconvert.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfconvert.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcffilter.c first commit 2 kuukautta sitten
vcffilter.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfgtcheck.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfgtcheck.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfhead.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfhead.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfindex.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfindex.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfisec.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfisec.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfmerge.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfmerge.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfnorm.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfnorm.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfplugin.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfplugin.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfquery.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfquery.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfroh.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfroh.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfsom.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfsom.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfsort.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfsort.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfstats.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfstats.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfview.c first commit 2 kuukautta sitten
vcfview.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcmp.c first commit 2 kuukautta sitten
vcmp.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
vcmp.h first commit 2 kuukautta sitten
version.c first commit 2 kuukautta sitten
version.c.pysam.c first commit 2 kuukautta sitten
version.sh first commit 2 kuukautta sitten

README 

BCFtools implements utilities for variant calling (in conjunction with
SAMtools) and manipulating VCF and BCF files.  The program is intended
to replace the Perl-based tools from vcftools.

See INSTALL for building and installation instructions.

Please cite this paper when using BCFtools for your publications:

Twelve years of SAMtools and BCFtools
Petr Danecek, James K Bonfield, Jennifer Liddle, John Marshall, Valeriu Ohan, Martin O Pollard, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Shane A McCarthy, Robert M Davies, Heng Li
GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab008, https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008

@article{10.1093/gigascience/giab008,
    author = {Danecek, Petr and Bonfield, James K and Liddle, Jennifer and Marshall, John and Ohan, Valeriu and Pollard, Martin O and Whitwham, Andrew and Keane, Thomas and McCarthy, Shane A and Davies, Robert M and Li, Heng},
    title = "{Twelve years of SAMtools and BCFtools}",
    journal = {GigaScience},
    volume = {10},
    number = {2},
    year = {2021},
    month = {02},
    abstract = "{SAMtools and BCFtools are widely used programs for processing and analysing high-throughput sequencing data. They include tools for file format conversion and manipulation, sorting, querying, statistics, variant calling, and effect analysis amongst other methods.The first version appeared online 12 years ago and has been maintained and further developed ever since, with many new features and improvements added over the years. The SAMtools and BCFtools packages represent a unique collection of tools that have been used in numerous other software projects and countless genomic pipelines.Both SAMtools and BCFtools are freely available on GitHub under the permissive MIT licence, free for both non-commercial and commercial use. Both packages have been installed \\>1 million times via Bioconda. The source code and documentation are available from https://www.htslib.org.}",
    issn = {2047-217X},
    doi = {10.1093/gigascience/giab008},
    url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008},
    note = {giab008},
    eprint = {https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/10/2/giab008/36332246/giab008.pdf},
}