pollutri
/
res_levis_API
1
0
Fork 0
Koodi Ongelmat 0 Pull-pyynnöt 0 Julkaisut 0 Wiki Toiminta
You can not select more than 25 topics Topics must start with a letter or number, can include dashes ('-') and can be up to 35 characters long.
3 Commitit
1 Haara
203 MiB
 
 
 
 
Puu: 6b04fabbe4
Branchit Tagit
${ item.name }
Create branch ${ searchTerm }
from '6b04fabbe4'
${ noResults }
res_levis_API/.venv/lib/python3.10/site-packages/pysam/samtools.py

60 rivejä
3.1 KiB
Raaka Blame Historia 

  1. import pysam.utils

  2. 

  3. addreplacerg = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'addreplacerg')

  4. ampliconclip = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'ampliconclip')

  5. ampliconstats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'ampliconstats')

  6. bam2fq = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bam2fq')

  7. bamshuf = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bamshuf')

  8. bedcov = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'bedcov')

  9. calmd = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'calmd')

  10. cat = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'cat')

  11. collate = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'collate')

  12. consensus = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'consensus')

  13. coverage = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'coverage')

  14. cram_size = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'cram-size')

  15. depad = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'depad')

  16. depth = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'depth')

  17. dict = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'dict')

  18. faidx = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'faidx')

  19. fasta = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fasta')

  20. fastq = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fastq')

  21. fixmate = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fixmate')

  22. flags = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'flags')

  23. flagstat = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'flagstat')

  24. fqidx = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'fqidx')

  25. fqimport = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'import')

  26. head = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'head')

  27. idxstats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'idxstats')

  28. index = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'index')

  29. markdup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'markdup')

  30. merge = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'merge')

  31. mpileup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'mpileup')

  32. pad2unpad = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'pad2unpad')

  33. phase = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'phase')

  34. quickcheck = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'quickcheck')

  35. reference = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reference')

  36. reheader = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reheader')

  37. reset = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'reset')

  38. rmdup = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'rmdup')

  39. samples = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'samples')

  40. sort = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'sort')

  41. split = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'split')

  42. stats = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'stats')

  43. targetcut = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'targetcut')

  44. tview = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'tview')

  45. version = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'version')

  46. view = pysam.utils.PysamDispatcher('samtools', 'view')

  47. 

  48. __all__ = [

  49.     'addreplacerg', 'ampliconclip', 'ampliconstats',

  50.     'bam2fq', 'bamshuf', 'bedcov', 'calmd', 'cat',

  51.     'collate', 'consensus', 'coverage', 'cram_size',

  52.     'depad', 'depth', 'dict', 'faidx', 'fasta',

  53.     'fastq', 'fixmate', 'flags', 'flagstat', 'fqidx',

  54.     'fqimport', 'head', 'idxstats', 'index',

  55.     'markdup', 'merge', 'mpileup', 'pad2unpad',

  56.     'phase', 'quickcheck', 'reference', 'reheader',

  57.     'reset', 'rmdup', 'samples', 'sort', 'split',

  58.     'stats', 'targetcut', 'tview', 'version', 'view',

  59. ]