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- # cython: language_level=3
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- # Utility functions used across pysam
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- cimport cython
- from cpython cimport array as c_array
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- cpdef parse_region(contig=*, start=*, stop=*, region=*, reference=*, end=*)
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- cdef int libc_whence_from_io(int whence)
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- cdef OSError_from_errno(message, filename=*)
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- # Utility functions for quality string conversions
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- cpdef c_array.array qualitystring_to_array(input_str, int offset=*)
- cpdef array_to_qualitystring(c_array.array arr, int offset=*)
- cpdef qualities_to_qualitystring(qualities, int offset=*)
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- ## String encoding configuration facilities
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- cpdef get_encoding_error_handler()
- cpdef set_encoding_error_handler(name)
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- ## Python 3 compatibility functions
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- cdef charptr_to_str(const char *s, encoding=*, errors=*)
- cdef bytes charptr_to_bytes(const char *s, encoding=*, errors=*)
- cdef charptr_to_str_w_len(const char* s, size_t n, encoding=*, errors=*)
- cdef force_str(object s, encoding=*, errors=*)
- cdef bytes force_bytes(object s, encoding=*, errors=*)
- cdef decode_bytes(bytes s, encoding=*, errors=*)
- cdef bytes encode_filename(object filename)
- cdef from_string_and_size(const char *s, size_t length)
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