pollutri
/
res_levis_API
1
0
Atdalīts 0
Kods Problēmas 0 Izmaiņu pieprasījumi 0 Laidieni 0 Vikivietne Aktivitāte
Nevar pievienot vairāk kā 25 tēmas Tēmai ir jāsākas ar burtu vai ciparu, tā var saturēt domu zīmes ('-') un var būt līdz 35 simboliem gara.
40 Revīzijas
17 Atzari
203 MiB
 
 
 
 
Koks: 40f42fa911
Atzari Tagi
${ item.name }
Izveidot atzaru ${ searchTerm }
no '40f42fa911'
${ noResults }
res_levis_API/.venv/lib/python3.10/site-packages/pysam/include/bcftools
root 5404e09047 first commit pirms 5 mēnešiem
..
HMM.c first commit pirms 5 mēnešiem
HMM.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
HMM.h first commit pirms 5 mēnešiem
LICENSE first commit pirms 5 mēnešiem
README first commit pirms 5 mēnešiem
abuf.c first commit pirms 5 mēnešiem
abuf.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
abuf.h first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf.h first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf_edlib.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf_edlib.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf_iaux.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf_iaux.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf_indel.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam2bcf_indel.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam_sample.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam_sample.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bam_sample.h first commit pirms 5 mēnešiem
bcftools.h first commit pirms 5 mēnešiem
bcftools.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bcftools.pysam.h first commit pirms 5 mēnešiem
bin.c first commit pirms 5 mēnešiem
bin.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
bin.h first commit pirms 5 mēnešiem
call.h first commit pirms 5 mēnešiem
ccall.c first commit pirms 5 mēnešiem
ccall.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
cigar_state.h first commit pirms 5 mēnešiem
cols.c first commit pirms 5 mēnešiem
cols.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
cols.h first commit pirms 5 mēnešiem
config.h first commit pirms 5 mēnešiem
consensus.c first commit pirms 5 mēnešiem
consensus.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
convert.c first commit pirms 5 mēnešiem
convert.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
convert.h first commit pirms 5 mēnešiem
csq.c first commit pirms 5 mēnešiem
csq.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
dbuf.h first commit pirms 5 mēnešiem
dist.c first commit pirms 5 mēnešiem
dist.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
dist.h first commit pirms 5 mēnešiem
edlib.c first commit pirms 5 mēnešiem
edlib.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
edlib.h first commit pirms 5 mēnešiem
em.c first commit pirms 5 mēnešiem
em.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
extsort.c first commit pirms 5 mēnešiem
extsort.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
extsort.h first commit pirms 5 mēnešiem
filter.c first commit pirms 5 mēnešiem
filter.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
filter.h first commit pirms 5 mēnešiem
gff.c first commit pirms 5 mēnešiem
gff.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
gff.h first commit pirms 5 mēnešiem
gvcf.c first commit pirms 5 mēnešiem
gvcf.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
gvcf.h first commit pirms 5 mēnešiem
hclust.c first commit pirms 5 mēnešiem
hclust.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
hclust.h first commit pirms 5 mēnešiem
hex.h first commit pirms 5 mēnešiem
khash_str2str.h first commit pirms 5 mēnešiem
kheap.h first commit pirms 5 mēnešiem
kmin.c first commit pirms 5 mēnešiem
kmin.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
kmin.h first commit pirms 5 mēnešiem
main.c first commit pirms 5 mēnešiem
main.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
mcall.c first commit pirms 5 mēnešiem
mcall.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
mpileup.c first commit pirms 5 mēnešiem
mpileup.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
mw.h first commit pirms 5 mēnešiem
ploidy.c first commit pirms 5 mēnešiem
ploidy.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
ploidy.h first commit pirms 5 mēnešiem
prob1.c first commit pirms 5 mēnešiem
prob1.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
prob1.h first commit pirms 5 mēnešiem
rbuf.h first commit pirms 5 mēnešiem
read_consensus.c first commit pirms 5 mēnešiem
read_consensus.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
read_consensus.h first commit pirms 5 mēnešiem
regidx.c first commit pirms 5 mēnešiem
regidx.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
regidx.h first commit pirms 5 mēnešiem
reheader.c first commit pirms 5 mēnešiem
reheader.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
smpl_ilist.c first commit pirms 5 mēnešiem
smpl_ilist.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
smpl_ilist.h first commit pirms 5 mēnešiem
str_finder.c first commit pirms 5 mēnešiem
str_finder.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
str_finder.h first commit pirms 5 mēnešiem
tabix.c first commit pirms 5 mēnešiem
tabix.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
tsv2vcf.c first commit pirms 5 mēnešiem
tsv2vcf.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
tsv2vcf.h first commit pirms 5 mēnešiem
utlist.h first commit pirms 5 mēnešiem
variantkey.h first commit pirms 5 mēnešiem
vcfannotate.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfannotate.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfbuf.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfbuf.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfbuf.h first commit pirms 5 mēnešiem
vcfcall.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfcall.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfcnv.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfcnv.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfconcat.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfconcat.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfconvert.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfconvert.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcffilter.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcffilter.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfgtcheck.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfgtcheck.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfhead.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfhead.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfindex.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfindex.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfisec.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfisec.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfmerge.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfmerge.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfnorm.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfnorm.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfplugin.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfplugin.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfquery.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfquery.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfroh.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfroh.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfsom.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfsom.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfsort.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfsort.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfstats.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfstats.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfview.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcfview.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcmp.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcmp.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
vcmp.h first commit pirms 5 mēnešiem
version.c first commit pirms 5 mēnešiem
version.c.pysam.c first commit pirms 5 mēnešiem
version.sh first commit pirms 5 mēnešiem

README 

BCFtools implements utilities for variant calling (in conjunction with
SAMtools) and manipulating VCF and BCF files.  The program is intended
to replace the Perl-based tools from vcftools.

See INSTALL for building and installation instructions.

Please cite this paper when using BCFtools for your publications:

Twelve years of SAMtools and BCFtools
Petr Danecek, James K Bonfield, Jennifer Liddle, John Marshall, Valeriu Ohan, Martin O Pollard, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Shane A McCarthy, Robert M Davies, Heng Li
GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab008, https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008

@article{10.1093/gigascience/giab008,
    author = {Danecek, Petr and Bonfield, James K and Liddle, Jennifer and Marshall, John and Ohan, Valeriu and Pollard, Martin O and Whitwham, Andrew and Keane, Thomas and McCarthy, Shane A and Davies, Robert M and Li, Heng},
    title = "{Twelve years of SAMtools and BCFtools}",
    journal = {GigaScience},
    volume = {10},
    number = {2},
    year = {2021},
    month = {02},
    abstract = "{SAMtools and BCFtools are widely used programs for processing and analysing high-throughput sequencing data. They include tools for file format conversion and manipulation, sorting, querying, statistics, variant calling, and effect analysis amongst other methods.The first version appeared online 12 years ago and has been maintained and further developed ever since, with many new features and improvements added over the years. The SAMtools and BCFtools packages represent a unique collection of tools that have been used in numerous other software projects and countless genomic pipelines.Both SAMtools and BCFtools are freely available on GitHub under the permissive MIT licence, free for both non-commercial and commercial use. Both packages have been installed \\>1 million times via Bioconda. The source code and documentation are available from https://www.htslib.org.}",
    issn = {2047-217X},
    doi = {10.1093/gigascience/giab008},
    url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008},
    note = {giab008},
    eprint = {https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/10/2/giab008/36332246/giab008.pdf},
}