res_levis_API

Historie

root 5404e09047 first commit		před 2 měsíci
..
cram	first commit	před 2 měsíci
htscodecs/htscodecs	first commit	před 2 měsíci
htslib	first commit	před 2 měsíci
m4	first commit	před 2 měsíci
os	first commit	před 2 měsíci
LICENSE	first commit	před 2 měsíci
Makefile	first commit	před 2 měsíci
README	first commit	před 2 měsíci
bcf_sr_sort.c	first commit	před 2 měsíci
bcf_sr_sort.h	first commit	před 2 měsíci
bgzf.c	first commit	před 2 měsíci
builddir_vars.mk.in	first commit	před 2 měsíci
config.guess	first commit	před 2 měsíci
config.h	first commit	před 2 měsíci
config.h.in	first commit	před 2 měsíci
config.mk.in	first commit	před 2 měsíci
config.sub	first commit	před 2 měsíci
configure	first commit	před 2 měsíci
configure.ac	first commit	před 2 měsíci
errmod.c	first commit	před 2 měsíci
faidx.c	first commit	před 2 měsíci
fuzz_settings.h	first commit	před 2 měsíci
header.c	first commit	před 2 měsíci
header.h	first commit	před 2 měsíci
hfile.c	first commit	před 2 měsíci
hfile_gcs.c	first commit	před 2 měsíci
hfile_internal.h	first commit	před 2 měsíci
hfile_libcurl.c	first commit	před 2 měsíci
hfile_s3.c	first commit	před 2 měsíci
hfile_s3_write.c	first commit	před 2 měsíci
hts.c	first commit	před 2 měsíci
hts_expr.c	first commit	před 2 měsíci
hts_internal.h	first commit	před 2 měsíci
hts_os.c	first commit	před 2 měsíci
hts_time_funcs.h	first commit	před 2 měsíci
htscodecs_bundled.mk	first commit	před 2 měsíci
htscodecs_external.mk	first commit	před 2 měsíci
htslib.mk	first commit	před 2 měsíci
htslib.pc.in	first commit	před 2 měsíci
htslib_vars.mk	first commit	před 2 měsíci
kfunc.c	first commit	před 2 měsíci
kstring.c	first commit	před 2 měsíci
md5.c	first commit	před 2 měsíci
multipart.c	first commit	před 2 měsíci
plugin.c	first commit	před 2 měsíci
probaln.c	first commit	před 2 měsíci
realn.c	first commit	před 2 měsíci
regidx.c	first commit	před 2 měsíci
region.c	first commit	před 2 měsíci
sam.c	first commit	před 2 měsíci
sam_internal.h	first commit	před 2 měsíci
sam_mods.c	first commit	před 2 měsíci
simd.c	first commit	před 2 měsíci
synced_bcf_reader.c	first commit	před 2 měsíci
tbx.c	first commit	před 2 měsíci
textutils.c	first commit	před 2 měsíci
textutils_internal.h	first commit	před 2 měsíci
thread_pool.c	first commit	před 2 měsíci
thread_pool_internal.h	first commit	před 2 měsíci
vcf.c	first commit	před 2 měsíci
vcf_sweep.c	first commit	před 2 měsíci
vcfutils.c	first commit	před 2 měsíci
version.sh	first commit	před 2 měsíci

README

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file
formats, such as SAM, CRAM, VCF, and BCF, used for high-throughput sequencing
data.  It is the core library used by samtools and bcftools.

See INSTALL for building and installation instructions.

Please cite this paper when using HTSlib for your publications:

HTSlib: C library for reading/writing high-throughput sequencing data
James K Bonfield, John Marshall, Petr Danecek, Heng Li, Valeriu Ohan, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Robert M Davies
GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab007, https://doi.org/10.1093/gigascience/giab007

@article{10.1093/gigascience/giab007,
    author = {Bonfield, James K and Marshall, John and Danecek, Petr and Li, Heng and Ohan, Valeriu and Whitwham, Andrew and Keane, Thomas and Davies, Robert M},
    title = "{HTSlib: C library for reading/writing high-throughput sequencing data}",
    journal = {GigaScience},
    volume = {10},
    number = {2},
    year = {2021},
    month = {02},
    abstract = "{Since the original publication of the VCF and SAM formats, an explosion of software tools have been created to process these data files. To facilitate this a library was produced out of the original SAMtools implementation, with a focus on performance and robustness. The file formats themselves have become international standards under the jurisdiction of the Global Alliance for Genomics and Health.We present a software library for providing programmatic access to sequencing alignment and variant formats. It was born out of the widely used SAMtools and BCFtools applications. Considerable improvements have been made to the original code plus many new features including newer access protocols, the addition of the CRAM file format, better indexing and iterators, and better use of threading.Since the original Samtools release, performance has been considerably improved, with a BAM read-write loop running 5 times faster and BAM to SAM conversion 13 times faster (both using 16 threads, compared to Samtools 0.1.19). Widespread adoption has seen HTSlib downloaded \\&gt;1 million times from GitHub and conda. The C library has been used directly by an estimated 900 GitHub projects and has been incorporated into Perl, Python, Rust, and R, significantly expanding the number of uses via other languages. HTSlib is open source and is freely available from htslib.org under MIT/BSD license.}",
    issn = {2047-217X},
    doi = {10.1093/gigascience/giab007},
    url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giab007},
    note = {giab007},
    eprint = {https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/10/2/giab007/36332285/giab007.pdf},
}