|
- #########################################################################
- # Utility functions used across pysam
- #########################################################################
- cimport cython
- from cpython cimport array as c_array
-
- cpdef parse_region(contig=*, start=*, stop=*, region=*, reference=*, end=*)
-
- #########################################################################
- # Utility functions for quality string conversions
-
- cpdef c_array.array qualitystring_to_array(input_str, int offset=*)
- cpdef array_to_qualitystring(c_array.array arr, int offset=*)
- cpdef qualities_to_qualitystring(qualities, int offset=*)
-
- ########################################################################
- ## String encoding configuration facilities
- ########################################################################
-
- cpdef get_encoding_error_handler()
- cpdef set_encoding_error_handler(name)
-
- ########################################################################
- ## Python 3 compatibility functions
- ########################################################################
- cdef charptr_to_str(const char *s, encoding=*, errors=*)
- cdef bytes charptr_to_bytes(const char *s, encoding=*, errors=*)
- cdef charptr_to_str_w_len(const char* s, size_t n, encoding=*, errors=*)
- cdef force_str(object s, encoding=*, errors=*)
- cdef bytes force_bytes(object s, encoding=*, errors=*)
- cdef decode_bytes(bytes s, encoding=*, errors=*)
- cdef bytes encode_filename(object filename)
- cdef from_string_and_size(const char *s, size_t length)
|
