pollutri
/
res_levis_API
1
0
Förgrening 0
Kod Ärenden 0 Pull-förfrågningar 0 Släpp 0 Wiki Aktiviteter
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.
14 Incheckningar
4 Grenar
203 MiB
 
 
 
 
Gren: GatewayStatusUpdate
Grenar Taggar
${ item.name }
Skapa branchen ${ searchTerm }
från 'GatewayStatusUpdate'
${ noResults }
res_levis_API/.venv/lib/python3.10/site-packages/pysam/include/bcftools
root 5404e09047 first commit 2 månader sedan
..
HMM.c first commit 2 månader sedan
HMM.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
HMM.h first commit 2 månader sedan
LICENSE first commit 2 månader sedan
README first commit 2 månader sedan
abuf.c first commit 2 månader sedan
abuf.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
abuf.h first commit 2 månader sedan
bam2bcf.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf.h first commit 2 månader sedan
bam2bcf_edlib.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf_edlib.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf_iaux.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf_iaux.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf_indel.c first commit 2 månader sedan
bam2bcf_indel.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
bam_sample.c first commit 2 månader sedan
bam_sample.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
bam_sample.h first commit 2 månader sedan
bcftools.h first commit 2 månader sedan
bcftools.pysam.c first commit 2 månader sedan
bcftools.pysam.h first commit 2 månader sedan
bin.c first commit 2 månader sedan
bin.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
bin.h first commit 2 månader sedan
call.h first commit 2 månader sedan
ccall.c first commit 2 månader sedan
ccall.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
cigar_state.h first commit 2 månader sedan
cols.c first commit 2 månader sedan
cols.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
cols.h first commit 2 månader sedan
config.h first commit 2 månader sedan
consensus.c first commit 2 månader sedan
consensus.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
convert.c first commit 2 månader sedan
convert.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
convert.h first commit 2 månader sedan
csq.c first commit 2 månader sedan
csq.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
dbuf.h first commit 2 månader sedan
dist.c first commit 2 månader sedan
dist.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
dist.h first commit 2 månader sedan
edlib.c first commit 2 månader sedan
edlib.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
edlib.h first commit 2 månader sedan
em.c first commit 2 månader sedan
em.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
extsort.c first commit 2 månader sedan
extsort.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
extsort.h first commit 2 månader sedan
filter.c first commit 2 månader sedan
filter.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
filter.h first commit 2 månader sedan
gff.c first commit 2 månader sedan
gff.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
gff.h first commit 2 månader sedan
gvcf.c first commit 2 månader sedan
gvcf.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
gvcf.h first commit 2 månader sedan
hclust.c first commit 2 månader sedan
hclust.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
hclust.h first commit 2 månader sedan
hex.h first commit 2 månader sedan
khash_str2str.h first commit 2 månader sedan
kheap.h first commit 2 månader sedan
kmin.c first commit 2 månader sedan
kmin.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
kmin.h first commit 2 månader sedan
main.c first commit 2 månader sedan
main.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
mcall.c first commit 2 månader sedan
mcall.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
mpileup.c first commit 2 månader sedan
mpileup.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
mw.h first commit 2 månader sedan
ploidy.c first commit 2 månader sedan
ploidy.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
ploidy.h first commit 2 månader sedan
prob1.c first commit 2 månader sedan
prob1.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
prob1.h first commit 2 månader sedan
rbuf.h first commit 2 månader sedan
read_consensus.c first commit 2 månader sedan
read_consensus.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
read_consensus.h first commit 2 månader sedan
regidx.c first commit 2 månader sedan
regidx.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
regidx.h first commit 2 månader sedan
reheader.c first commit 2 månader sedan
reheader.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
smpl_ilist.c first commit 2 månader sedan
smpl_ilist.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
smpl_ilist.h first commit 2 månader sedan
str_finder.c first commit 2 månader sedan
str_finder.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
str_finder.h first commit 2 månader sedan
tabix.c first commit 2 månader sedan
tabix.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
tsv2vcf.c first commit 2 månader sedan
tsv2vcf.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
tsv2vcf.h first commit 2 månader sedan
utlist.h first commit 2 månader sedan
variantkey.h first commit 2 månader sedan
vcfannotate.c first commit 2 månader sedan
vcfannotate.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfbuf.c first commit 2 månader sedan
vcfbuf.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfbuf.h first commit 2 månader sedan
vcfcall.c first commit 2 månader sedan
vcfcall.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfcnv.c first commit 2 månader sedan
vcfcnv.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfconcat.c first commit 2 månader sedan
vcfconcat.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfconvert.c first commit 2 månader sedan
vcfconvert.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcffilter.c first commit 2 månader sedan
vcffilter.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfgtcheck.c first commit 2 månader sedan
vcfgtcheck.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfhead.c first commit 2 månader sedan
vcfhead.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfindex.c first commit 2 månader sedan
vcfindex.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfisec.c first commit 2 månader sedan
vcfisec.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfmerge.c first commit 2 månader sedan
vcfmerge.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfnorm.c first commit 2 månader sedan
vcfnorm.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfplugin.c first commit 2 månader sedan
vcfplugin.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfquery.c first commit 2 månader sedan
vcfquery.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfroh.c first commit 2 månader sedan
vcfroh.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfsom.c first commit 2 månader sedan
vcfsom.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfsort.c first commit 2 månader sedan
vcfsort.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfstats.c first commit 2 månader sedan
vcfstats.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcfview.c first commit 2 månader sedan
vcfview.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcmp.c first commit 2 månader sedan
vcmp.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
vcmp.h first commit 2 månader sedan
version.c first commit 2 månader sedan
version.c.pysam.c first commit 2 månader sedan
version.sh first commit 2 månader sedan

README 

BCFtools implements utilities for variant calling (in conjunction with
SAMtools) and manipulating VCF and BCF files.  The program is intended
to replace the Perl-based tools from vcftools.

See INSTALL for building and installation instructions.

Please cite this paper when using BCFtools for your publications:

Twelve years of SAMtools and BCFtools
Petr Danecek, James K Bonfield, Jennifer Liddle, John Marshall, Valeriu Ohan, Martin O Pollard, Andrew Whitwham, Thomas Keane, Shane A McCarthy, Robert M Davies, Heng Li
GigaScience, Volume 10, Issue 2, February 2021, giab008, https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008

@article{10.1093/gigascience/giab008,
    author = {Danecek, Petr and Bonfield, James K and Liddle, Jennifer and Marshall, John and Ohan, Valeriu and Pollard, Martin O and Whitwham, Andrew and Keane, Thomas and McCarthy, Shane A and Davies, Robert M and Li, Heng},
    title = "{Twelve years of SAMtools and BCFtools}",
    journal = {GigaScience},
    volume = {10},
    number = {2},
    year = {2021},
    month = {02},
    abstract = "{SAMtools and BCFtools are widely used programs for processing and analysing high-throughput sequencing data. They include tools for file format conversion and manipulation, sorting, querying, statistics, variant calling, and effect analysis amongst other methods.The first version appeared online 12 years ago and has been maintained and further developed ever since, with many new features and improvements added over the years. The SAMtools and BCFtools packages represent a unique collection of tools that have been used in numerous other software projects and countless genomic pipelines.Both SAMtools and BCFtools are freely available on GitHub under the permissive MIT licence, free for both non-commercial and commercial use. Both packages have been installed \\>1 million times via Bioconda. The source code and documentation are available from https://www.htslib.org.}",
    issn = {2047-217X},
    doi = {10.1093/gigascience/giab008},
    url = {https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008},
    note = {giab008},
    eprint = {https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/10/2/giab008/36332246/giab008.pdf},
}